胃巨噬细胞腺癌是当今世界年度常用的腺胃癌之一，其当中75%为胃透明巨噬细胞腺癌（clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）并守住了胃巨噬细胞腺癌死亡的绝大部分。为了了解到ccRCC牵涉到的小分子程序，TCGA对蛋白质两组、表征蛋白质两组、mRNA两组开展统计分析，断定出有以外多种抑腺退行性缺少在内的ccRCC小分子构造。数据分析了解到VHL蛋白质异常是一个某种程度接续事件真相，随后PBRM1、SETD2、KDM5C、BAP1等特异性参加的蛋白质两组转变所致疾病进展，并与侵袭性表现型系统性。这些数据分析指出有除了两解剖审计外，可以利用小分子构造对ccRCC病症开展分级数据分析，同时断定出有ccRCC牵涉到的特有蛋白质两组构造。依然认为，ccRCC对现代的复发和放疗带有反击发挥作用，手术切除术是暂时性的主要病患技术手段。近年来，蛋白质两组统计分析断定出有一些巨噬细胞通道靶点，而且FDA批准了系统性药物，但ccRCC病症对这些药物的反应非常有限。这指引填充全过程非常复杂，蛋白质两组、表征蛋白质两组、mRNA两组的单独统计分析可能不足以全面地断定出有腺胃癌的类型以确定理论上的病患原理，我们需要开发新的综合类统计分析策略。2019年10月31日，来自约翰霍普金斯大学的Hui Zhang和Daniel W. Chan、密歇根大学的Marcin Cieslik和Alexey I. Nesvizhskii 、西奈山伊坎附属医院的Pei Wang和临床抗原质两组统计分析理事会（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium）合作在Cell杂志上刊文Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma，通过对未病患的ccRCC和配对的腺癌旁正常两的组织取样开展蛋白质两组、表征蛋白质两组、mRNA两组、抗原质两组、一分解氮抗原质两组学的综合类统计分析，了解到蛋白质两组统计分析断定出有一个与蛋白质两组不稳定性系统性的鲜明小分子亚群；抗原质-蛋白质两组学综合类统计分析断定出有由蛋白质两组忽略所所致的抗原质肥胖，其当中以外参加分解一分解氮糖类、抗原质翻译者全过程和一分解氮波形表观等的抗原；对当中免疫系统巨噬细胞增生程度开展统计分析，描绘成了四种以完全相同巨噬细胞通道为构造的免疫系统性ccRCC亚型。数据分析共收集110个未病患的RCC取样及84个相配对的腺癌旁正常两的组织（NAT）取样，对同一个取样开展蛋白质两组、mRNA两组和抗原两组学统计分析。抗原两组和一分解氮抗原两组学统计分析分别断定出有11355种抗原和42899种氨肽，其当中7150种抗原和20976种氨肽在所有样品都得到验证。为了确保多重类似数据的综合统计分析，对110个取样开展全蛋白质两组测序、全核苷酸测序和总RNA测序，其当中107个开展DNA转录统计分析，同时75个NAT取样开展总RNA测序。经过两解剖审计和小分子构造统计分析后，103则有ccRCC和80则有NAT取样的类似数据运用于后续统计分析。ccRCC的蛋白质两组学统计分析了解到等位蛋白质低水平的转变有：等位蛋白质3p的臂低水平缺少（93%），等位蛋白质5q的上升（54%）、等位蛋白质14q的缺少（42%）、等位蛋白质7的上升（34%）、等位蛋白质9的缺少（21%）。其当中，14个ccRCC取样当中了解到出有广泛的拷贝数变异（CNVs），声称蛋白质两组的倾斜度不稳定性。而且档次更极高的了解到出有倾斜度的蛋白质两组不稳定性，这与蛋白质两组非整倍体和预后不当有关的另据相一致。61%的ccRCC了解到出有一种或多种诱导事件真相，主要牵涉到在等位蛋白质3q转录和5号等位蛋白质（20%）、2号（11%）和8号（7%）等。新型等位蛋白质缩合t（3：2），即3p缺少和2q上升，与t（3：5）缩合相互排斥；等位蛋白质翻转同时所致3q的上升和3p缺少。总之，102则有ccRCC取样当中都了解到出有3p转录的肥胖。体巨噬细胞特异性的统计分析结果了解到，85%的ccRCC当中共存VHL的肥胖，是最常用的特异性；PBRM1、BAP1、KDM5C、SETD2的特异性比则有分别为43%、17%、18%、16%，而且蛋白质特异性和DNA转录统计分析了解到蛋白质两组的失活所致mRNA和抗原的减少。对转录CpG岛的转录开展统计分析，根据之前另据的CpG岛转录表现型标志物（CIMP）开展类群，36则有CIMP+了解到出有档次更极高、阶段更晚、蛋白质两组不稳定性更极高等构造。蛋白质两组转变需要通过顺式发挥作用因素同转录的mRNA和抗原质重元素，通过不饱和发挥作用因素其他转录。对mRNA、抗原质和氨肽的综合统计分析，断定出有对mRNA低水平、翻译者低水平和翻译者后低水平都有因素的蛋白质两组转变，并断定出有与档次系统性、腺癌与非腺癌两的组织间相异解读的蛋白质靶点。则有如，与PI3K-mTOR波形系统性的SQSTM1、OSBPL3、GOLPH3出有现拷贝数变异（不饱和发挥作用）；多能mRNA因子YY1（不饱和发挥作用）牵涉到特异性。对这些蛋白质两组转变开展通道统计分析，了解到等位蛋白质3p的缺少所致低氧波形、巨噬蛋白质表达表观和糖酵解的降至，分解一分解氮、糖类糖类和TCA循环系统的降至有关；5q的上升所致mTORC1和MYC波形的降至，7p的上升所致抗原翻译者和上皮间充质移往波形的降至；9p缺少所致抑制因子CDKN2A缺少，与翻译者接续、m TOR、MYC波形降至有关；14q缺少所致WNT波形解读降至，MYC波形、N-半乳糖词句、IFN- γ波形降至。其当中75%的CIMP+共存14q缺少，而且CIMP+了解到出有MYC波形、抗原翻译者降至的顺式发挥作用，并与分解一分解氮（OXPHOS）降至和暂时性粘连减少有持续性。统计分析ccRCC腺癌两的组织和非腺癌两的组织的抗原解读相异，发现ccRCC当中565个抗原降至，255个抗原降至，其当中免疫系统反应、EMT、低氧、糖酵解和mTOR波形在当中降至，TCA循环系统、糖类糖类和OXPHOS通道降至。糖酵解途径的抗原和m RNA 的降至带有耦合性；而OXPHOS只有抗原被降至，其mRNA未转变，指出有OXPHOS的表观牵涉到在翻译者低水平。通过氨肽的重元素统计分析，断定出有CDK1、MAPK1（ERK2）是大多数当中2个排名最极高的氨-丝氨酸事件真相。与S期进入/进展（CDK7-MCM2）和G2/M接续（WEE1-CDK1）系统性的一分解氮丝氨酸在大多数当中下降；仅仅所有的都降至EGFR（MAPK的当中上游抗原）的抗原和氨肽解读，而对VEGF抗原如FLT和KDR则考虑性解读。纵向统计分析所有取样当中氨肽重元素相异，断定出有几种氨肽共解读网络，以外巨噬蛋白质表达和毛细血管填充两个不依赖于整体而言抗原质两组和mRNA两组转变的应用程序。基于免疫系统分两组的一般构造，并结合mRNA两组学、抗原质两组学的构造，需要对ccRCC开展分型：1）CD8+炎性；2）CD8-炎性；3）VEGF免疫系统缺少；4）糖类性免疫系统缺少。则有如，CD8+炎性展现出有CD8+ T巨噬细胞增生程度极高，免疫系统逃避标记物PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4等蛋白质解读降至，14号等位蛋白质缺少频率较极高等构造；CD8-炎性展现出有天然免疫系统反应的构造，DC和巨噬巨噬细胞居多，一分解氮和胃脏闭环抗原解读上升等构造。分级是ccRCC的重要预后加权，不一定和阶段、大小有关。极高档次当中，参加翻译者、mTOR波形、EMT等通道的蛋白质在mRNA和抗原低水平均降至，其他巨噬细胞通道则在mRNA两组和抗原两组出有现非协同性降至，如巨噬蛋白质表达表观和DNA修复的mRNA上升，而OXPHOS和N-半乳糖词句的抗原上升。低档次的平庸出有抗原腺苷、RAS、MAPK、Notch、RAP1波形通道等在mRNA和抗原的上升，同时降至mRNA系统性全过程的抗原解读。根据的抗原两组相异将ccRCC分别为3两组：ccRCC2极高解读天然免疫系统和血小板脱颗粒系统性的抗原，ccRCC3降至糖酵解、mTOR波形、低氧系统性的抗原，ccRCC2和ccRCC3和较低的档次系统性，仅ccRCC2与晚期系统性；ccRCC1降至适应性免疫系统、N-半乳糖词句、OXPHOS和糖类糖类系统性抗原，与极高档次和晚期有关。总的来说，数据分析另据了利用蛋白质两组、表征蛋白质两组、mRNA两组、抗原质两组、一分解氮抗原质两组学等多种除此以外对ccRCC开展大规模抗原-蛋白质两组学统计分析，解读了蛋白质两组忽略对功用的因素，为从小分子病理学角度合理考虑病患方案提供了依据。类似出有处：Did J. Clark, Sarana M. Dhanasekaran, Francesca Petralia, et al.Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma.Cell, Vol. 179, Issue 4, p964?83.e31Published in issue: October 31, 2019
